请教"启动电脑后从光盘双击setup.exe安装操作系统"和"设置从光盘启动后,开机自动安装"这两种安装方法

这几乎是一样的，从光盘启动安装是基本用于没装系统或者系统崩溃时用的，是直接从dos安装的，可格式化任何盘，可以安装任何系统。
假如setup.exe安装操作系统那么也可以，不过不能从高到低的系统版本来安装，只能从低到高。
2000的可以装XP。XP下不能装2000。启动强制安装的话，XP将无法启动，除非修改boot。ini

启动电脑后安装，那你就是装双系统了。两个系统是不能装一个盘里的。
要彻底的装XP，那只有设置BIOS，用光盘启动删除2000的分区然后全新安装